La tutelle du Port Autonome de Dakar est exercée conjointement par le Ministre de la Pêche et de l’Economie Maritime et le Ministre des Finances.

La société Nationale du Port Autonome de Dakar est administrée par un Conseil d’Administration composé  de : 

Le Conseil d’Administration délibère sur toutes les mesures concernant la gestion de la société notamment :

• le règlement intérieur ;
• les programmes pluriannuels d’actions et d’investissement ;
• les budgets et comptes prévisionnels ;
• les acquisitions et aliénations du patrimoine ;
• les prises de participation financière ;
• les comptes de fin d’exercice ;
• les projets d’accord collectif d’établissement ;
• les règlements d’exploitation du port ;
• les tarifs des redevances et prestations portuaires ;
• l’organigramme de la société ;
• les autorisations d’occuper le domaine portuaire d’une durée supérieure ou égale à neuf (09) ans.

Il veille à l’application de ces délibérations par le Directeur Général. Il délibère chaque année sur le rapport de gestion et le rapport social de la société présentés par le Directeur Général.

Le Conseil est informé des directives présidentielles, notamment celles issues des rapports des corps de contrôle sur la gestion de l’entreprise, et délibérément chaque année sur un rapport du Directeur Général relatif à l’application de ces directives.

Le comité de direction assure le contrôle permanent de la gestion de la société dans les l'intervalle des réunions du Conseil d'administration. Il rend compte de ses réunions au Conseil d’Administration.
Il est présidé par le président du Conseil d'Administration ou sous vice-président. Les représentants des ministères de tutelle en sont membres de droit. Trois  autres membres sont élus par le Conseil d'Administration en son sein.

Il assure la gestion générale de la société et veille à l'exécution des décisions prises par les organes délibérants et les autorités de tutelle.