La société Nationale du Port Autonome de Dakar (SONAPAD) est administrée par un Conseil d’Administration composé de 12 membre au plus. 

Le Conseil d’Administration délibère sur toutes les mesures concernant la gestion de la société notamment :

1. le plan stratégique de développement ;
2. le règlement intérieur ;
3. les programmes pluriannuels d’actions et d’investissement ;
4. le contrat de performances ou contrat d’objectifs et de moyens ;
5. le budget ;
6. les acquisitions et aliénations du patrimoine ;
7. les prises de participations ;
8. les comptes de fin d’exercice ;
9. le rapport annuel de performance ;
10. les projets d’accord collectif d’établissement ;
11. l’organigramme ;
12. le programme de recrutement ;
13. la grille de rémunération ;
14. le manuel de procédures ;
15. les plans de restructuration ou de redressement ;
16. les accords et conventions internationaux ;
17. l’acceptation des dons et legs.
18. les règlements d’exploitation du port ;
19. les tarifs des redevances et prestations portuaires ;
20. les autorisations d’occuper le domaine portuaire d’une durée supérieure  ou égale à neuf (09) ans.
21. Il veille à l’application de ces délibérations par le Directeur Général. Il délibère chaque année sur le rapport de gestion et le rapport social de la société présentés par le Directeur Général.
22. Le Conseil est informé des directives présidentielles, notamment celles issues des rapports des corps de contrôle sur la gestion de l’entreprise, et délibérément chaque année sur un rapport du Directeur Général relatif à l’application de ces directives.

Le comité de direction assure le contrôle permanent de la gestion de la société dans les l'intervalle des réunions du Conseil d'administration. Il rend compte de ses réunions au Conseil d’Administration.
Il est présidé par le président du Conseil d'Administration ou sous vice-président. Les représentants des ministères de tutelle en sont membres de droit. Trois  autres membres sont élus par le Conseil d'Administration en son sein.

Il assure la gestion générale de la société et veille à l'exécution des décisions prises par les organes délibérants et les autorités de tutelle.